پژوهشكده حمل و نقل زير نظر هيأتي متشكل از وزير راه و ترابري، وزير علوم تحقيقات و فناوري يا نماينده وي، رئيس سازمان مديريت و برنامه ريزي يا نماينده وي، رئيس پژوهشكده حمل و نقل و چند تن از شخصيتهاي علمي و فرهنگي كه هيأت امناء ناميده مي‌شوند، انجام وظيفه مي‌نمايند و داراي دو معاونت پژوهشي و اجرايي است. شوراي پژوهش مهمترين ركن پژوهشكده مي‌باشد كه به منظور تعيين خط مشي و سياستگزاريهاي پژوهشي به رياست رئيس پژوهشكده تشكيل جلسه ميدهد.